Rafiq Əliyev 10 fevral 1942-ci ildə Azərbaycanın Ağdam rayonunun Novruzlu kəndində anadan olmuşdur. 1948-1958-ci ildə Ağdamda orta məktəbdə təhsil almış, məktəbi medalla bitirmişdir. 1958-1963-cü illərdə M.Əzizbəyov adına Azərbaycan Neft və Kimya İnstitutunda oxumuşdur. İnstitut təhsilini fərqlənmə diplomu ilə başa vurmuşdur. 1964-1967-ci illərdə Moskvada SSRİ Elmlər Akademiyası İdarəetmə Problemləri İnstitutunun aspirantı olmuşdur. 1967-ci ildə texnika elmləri namizədi, 1975-ci il texnika elmləri doktoru alimlik dərəcəsi almışdır. 1967-1969-cu illərdə Neftkimyaavtomat Elmi-Tədqiqat və Layihə İnstitutunda (ETLİ) elmi-tədqiqat laboratoriyasının müdiri olmuşdur. 1976-cı ildən professordur. 1989-cu ildə Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü seçilmişdir. 1989-cu ildən 2011-ci ilə kimi Azərbaycan Dövlət Neft Akademiyasının Avtomatlaşdırılmış idarəetmə sistemləri kafedrasının müdiri olub. 1998-ci ildən indiyə kimi Azərbaycan Dövlət Neft Akademiyası və Corciya Dövlət Universitetinin (Atlanta, ABŞ) MBA proqram direktoru, 2001-dən indiyə kimi isə bu universitetlərin BBA proqram direktorudur.

Azərbaycan və bir sıra xarici ölkələrdə informatika və idarəetmə sahəsində elmi-tədqiqat işlərinin təşkilində böyük rolu olmuşdur. Azərbaycanda, Rusiyada, Almaniyada və İranda 130-dan çox elmlər namizədi, 25 elmlər doktoru hazırlamışdır. Tələbələri hazırda təkcə Azərbaycanın elm mərkəzlərində deyil, digər ölkələrdə də (ABŞ, Almaniya, Türkiyə, Rusiya, İran və s.) fəaliyyət göstərirlər.

Bilavasitə rəhbərliyi və iştirakı ilə 1994-cü ildən başlayaraq hər iki ildən bir Avropanın bir sıra ölkələrində ″Qeyri-səlis sistemlərin tətbiqi″, 2000-ci ildən başlayaraq hər iki ildən bir Özbəkstan Respublikasının Daşkənt şəhərində ″Qeyri-səlis sistemlərin tətbiqi və Soft Kompyutinq″, 2000-ci ildən başlayaraq hər iki ildən bir Türkiyənin Antalya şəhərində ″Sistem təhlilində, qərarqəbuletmə və idarəetmədə sözlə işləyən kompüter və Soft Kompyutinq″ üzrə beynəlxalq elmi konfranslar keçirilir.

İnformatika və idarəetmə, süni intellekt, qeyri-səlis məntiq və Soft Kompyutingə həsr olunmuş 70-ə yaxın kitabın, 350-dən çox elmi məqalənin müəllifidir.